Prezes Rady Ministrów na wniosek Zgromadzenia Ogólnego Kolegium powołuje Prezesa Kolegium, spośród kandydatów będących etatowymi członkami Kolegium.
Kadencja prezesa kolegium trwa 6 lat. Prezes kolegium kieruje pracami kolegium, a w szczególności:
- reprezentuje kolegium na zewnątrz.
- przedkłada, po przyjęciu przez zgromadzenie ogólne kolegium, Prezesowi Rady Ministrów i sejmikowi województwa roczną informację o działalności kolegium w terminie do końca I kwartału roku następującego po roku objętym informacją,
- opracowuje projekt regulaminu organizacyjnego kolegium,
- zgłasza wniosek o ustalenie liczby członków kolegium,
- ogłasza konkurs na członków kolegium,
- przewodniczy pracom komisji konkursowej,
- przedstawia kandydatów na członków kolegium wyłonionych w drodze konkursu,
- występuje z wnioskami o powołanie i o odwołanie wiceprezesa kolegium oraz członka kolegium,
- czuwa nad jednolitością orzecznictwa oraz sprawnością pracy kolegium,
- wyznacza przewodniczących składów orzekających. Prezes kolegium wykonuje również czynności przewidziane przepisami prawa dla organów administracji publicznej, niezastrzeżone dla składu orzekającego.